Характеристика гипервирулентных мультиантибиотикорезистентных штаммов Klebsiella pneumoniae у стационарных пациентов с тяжелым течением COVID-19

Автор / Мед учреждения

Гончаров Артемий Евгеньевич / Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И.Мечникова, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Азаров Даниил Валерьевич / Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Мохов Алексей Сергеевич / Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И.Мечникова, Санкт-Петербург, Российская Федерация / Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Почтовый Андрей Андреевич / НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи Минздрава РФ, Москва, Российская Федерация / Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Москва, Российская Федерация

Кустова Дарья Дмитриевна / НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи Минздрава РФ, Москва, Российская Федерация / Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Москва, Российская Федерация

Гущин Владимир Алексеевич / НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи Минздрава РФ, Москва, Российская Федерация / Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Москва, Российская Федерация

Лебедева Екатерина Андреевна / Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И.Мечникова, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Колоджиева Виктория Васильевна / Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И.Мечникова, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Киреева Александра Геннадьевна / Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Краева Людмила Александровна / НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Долинный Сергей Владимирович / Инфекционная клиническая больница №1 Департамента здравоохранения г. Москвы, Москва, Российская Федерация

Бургасова Ольга Александровна / Российский университет дружбы народов, Москва, Российская Федерация / Инфекционная клиническая больница №1 Департамента здравоохранения г. Москвы, Москва, Российская Федерация

Гончарова Алина Рамилевна / НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Белькова Елена Ивановна / Мариинская городская больница, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Дмитриев Александр Валентинович / Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург, Российская Федерация

Тяжелое течение заболевания COVID-19 у стационарных пациентов обусловлено комплексом причин, в том числе развитием вирусно-бактериальных ко-инфекций. Эмпирическое назначение антибиотиков наряду со сниженным инфекционным контролем способствует эпидемическому распространению микроорганизмов с множественной лекарственной устойчивостью. Наиболее часто выявляемыми бактериальными патогенами при нозокомиальных инфекциях являются бактерии Klebsiella pneumoniae, продуцирующие карбапенемазу. Значительное распространение указанные штаммы получили в период пандемии новой коронавирусной инфекции.
Цель. Представить фенотипическую и генетическую характеристику штаммов K. pneumoniae, как доминирующего патогена у пациентов отделений реанимации и интенсивной терапии с тяжелым течением COVID-19.
Пациенты и методы. 38 человек, из них 6 – имеющие тяжелое течение COVID-19, находившихся в отделениях реанимации и интенсивной терапии инфекционных клинических больниц Санкт-Петербурга и Москвы с июля 2020 г. по декабрь 2020 г. Все пациенты подписывали добровольное согласие на проведение диагностических исследований, данные о больных анонимизированы. Биоматериал: мокрота, бронхоальвеолярная лаважная жидкость, мазок из носоглотки. Методы исследования: бактериологическая идентификация бактериальных штаммов, тестирование на чувствительность к противомикробным препаратам, полногеномное секвенирование штаммов K. pneumoniae.
Результаты. Геномы большинства штаммов K. pneumoniae, выделенные от больных с тяжелым течением новой коронавирусной инфекции, содержали кластеры генов аэробактина и энтеробактерина. Однако некоторые, а именно геномы штаммов 90 и 124, кроме них, содержали кластеры генов иерсиниабактина. Эти гены являются маркерами высокой вирулентности и способности к образованию биопленок. Изученные штаммы отнесены к четырем типам последовательностей (ST874, ST395, ST147, ST15), которые характеризуются высокой вирулентностью и антибиотикорезистентностью. Наличие указанных штаммов K. pneumoniae можно рассматривать в качестве одного из ведущих причинных факторов развития тяжелых и летальных форм COVID-19.
Заключение. Данные нашего наблюдения демонстрируют рост показателя выявляемости патогена – K. pneumoniae – с 30 до 70% у пациентов с COVID-19 в течение пандемического периода. При этом более 80% штаммов были полирезистентны в фенотипических тестах к большинству антибиотиков, используемых в стратегиях терапии осложненного течения COVID-19. Сочетание гипервирулентности и антибиотикорезистентности имеет определяющее значение в распространении подобных штаммов в стационаре и их влиянии на исход заболевания. Появление гиперрезистентных патогенов подчеркивает необходимость проведения регулярного эпидемиологического мониторинга и строгих мер инфекционного контроля в стационарах России, особенно в отделениях реанимации и интенсивной терапии. 

Ключевые слова: COVID-19, тяжелое течение, Klebsiella pneumoniae, секвенирование генома, карбапенемазы, гипервирулентность, антибиотикорезистентность
Для цитирования: Гончаров А.Е., Азаров Д.В., Мохов А.С., Почтовый А.А., Кустова Д.Д., Гущин В.А., Лебедева Е.А., Колоджиева В.В., Киреева А.Г., Краева Л.А., Долинный С.В., Бургасова О.А., Гончарова А.Р., Белькова Е.И., Дмитриев А.В. Характеристика гипервирулентных мультиантибиотикорезистентных штаммов Klebsiella pneumoniae у стационарных пациентов с тяжелым течением COVID-19. Инфекционные болезни. 2022; 20(2): 33–40. DOI: 10.20953/1729-9225-2022-2-33-40
For citation: Goncharov A.E., Azarov D.V., Mokhov A.S., Pochtovyi A.A., Kustova D.D., Gushchin V.A.,  Lebedeva E.A., Kolodzhieva V.V., Kireeva A.G., Kraeva L.A., Dolinny S.V., Burgasova O.A., Goncharova A.R., Belkova E.I., Dmitriev A.V. Characteristics of hypervirulent multi-drug resistant Klebsiella pneumoniae strains in inpatients with severe COVID-19. Infekc. bolezni (Infectious diseases). 2022; 20(2): 33–40. (In Russian). DOI: 10.20953/1729-9225-2022-2-33-40

Статья находится в открытом доступе

Яндекс.Метрика