Исследование частоты встречаемости двойной ВИЧ-инфекции в России

Цель. Разработка и валидация методологии выявления двойной ВИЧ-инфекции на основе результатов классического секвенирования «по Сэнгеру», а также оценке частоты встречаемости двойной ВИЧ-инфекции в России.
Материалы и методы. Было проведено секвенирование фрагмента гена pol ВИЧ-1 модельных образцов двойной ВИЧ-инфекции, осуществлен расчет индекса вырожденности (DB-индекса) и индекса синонимичности (SM-индекса) и определены пороговые значения этих величин для выявления двойной ВИЧ-инфекции. Был проведен анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol коллекции образцов ВИЧ-1 (n = 1561) от российских пациентов.
Результаты. Было определено, что использование пороговых значений 34 для DB-индекса и 0,05 для SM-индекса эффективно выявляет двойную ВИЧ-инфекцию во фрагментах обратной транскриптазы (RT) и протеазы-обратной транскриптазы (PR-RT) гена pol соответственно. Был выявлен 21 (1,35%) образец двойной ВИЧ-инфекции в исследованной коллекции (18 из которых были собраны в 2014 г. и позже), 12 из них были получены от пациентов из Центрального федерального округа. Была обнаружена обратная зависимость между вероятностью выявления двойной ВИЧ-инфекции и длительностью инфекции пациента. В общей сложности 11/21 образцов двойной ВИЧ-инфекции содержали мутации лекарственной устойчивости, 7 (33,33%) из них имели замены, не связанные с естественным полиморфизмом ВИЧ-1.
Заключение. Проблема двойной ВИЧ-инфекции в России актуальна и требует дальнейшего изучения.
Ключевые слова: ВИЧ, двойная ВИЧ-инфекция, лекарственная устойчивость, нуклеотидная последовательность, DB-индекс, SM-индекс, PR-RT регион
Для цитирования: Лаповок И.А., Салеева Д.В., Кириченко А.А., Мурзакова А.В., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е. Исследование частоты встречаемости двойной ВИЧ-инфекции в России. Инфекционные болезни. 2020; 18(4): 138–148. DOI: 10.20953/1729-9225-2020-4-138-148

For citation: Lapovok I.A., Saleeva D.V., Kirichenko A.A., Murzakova A.V., Lopatukhin А.E., Kireev D.E. The study of dual HIV infection prevalence in Russia. Infekc. bolezni (Infectious diseases). 2020; 18(4): 138–148. (In Russian). DOI: 10.20953/1729-9225-2020-4-138-148

Статья находится в открытом доступе

Яндекс.Метрика